A duração do uso de antibióticos está relacionada com a condição específica do doente. Os doentes com lesões infecciosas agudas não devem usar antibióticos durante demasiado tempo para evitar efeitos secundários, enquanto que as condições crónicas podem ser prolongadas adequadamente. Não há limite absoluto para a duração do uso de antibióticos e depende do tipo de infecção, da gravidade do estado do paciente e se o paciente desenvolveu resistência aos medicamentos ou disbiose. Em geral, para as infecções bacterianas agudas comuns, a duração dos antibióticos não deve exceder 7 dias, mas o curso específico do tratamento deve ser analisado de acordo com a condição específica. Por exemplo, os pacientes com faringite bacteriana aguda e amigdalite precisam de os utilizar durante 10 dias, os pacientes com prostatite bacteriana aguda precisam de os utilizar durante 4 semanas, enquanto a prostatite bacteriana crónica precisa de ser utilizada durante 1-3 meses. No entanto, se ocorrer resistência aos medicamentos ou disbiose, o tratamento antibiótico deve ser interrompido ou alterado. O uso de antibióticos deve estar sob a orientação de um médico e deve ser evitado o uso indevido de antibióticos.