Para infecções do tracto urinário nas mulheres, o metronidazol não é escolhido como o medicamento de eleição para o tratamento anti-infeccioso. O metronidazol pode ser utilizado para o tratamento de tricomonas e também para bactérias anaeróbias. No entanto, as infecções do tracto urinário são frequentemente devidas a bacilos gram-negativos e, em menor grau, a agentes patogénicos tais como micoplasma, clamídia, ou gonococo. Portanto, os antibióticos fluoroquinolona, ou antibióticos cefalosporinos como o cloridrato de levofloxacina, ciprofloxacina, cefixima ou comprimidos de cefuroxima, são recomendados para tratamento. Se for diagnosticada infecção por tricomonas ou infecção anaeróbica, os comprimidos de metronidazol podem ser escolhidos para tratamento, mas não são rotineiramente preferidos para tratamento. Recomenda-se a realização de um teste de cultura de urina média limpa para identificar o organismo patogénico específico e para seleccionar a medicação apropriada para o tratamento. Se necessário, deve ser realizado um teste de sensibilidade às drogas para evitar a presença de resistência bacteriana. Se a medicação convencional não for eficaz, é importante beber mais água e urinar mais frequentemente durante o período de tratamento para recuperar da infecção do tracto urinário o mais cedo possível.