As pedras urofecais, quimicamente conhecidas como pedras de fosfato de amónio e magnésio, são principalmente constituídas por fosfato de amónio e carbonato de apatite de magnésio e foram originalmente encontradas em fezes de morcegos. Este tipo de pedra é também conhecido como pedra de infecção ou pedra infectada porque é causada por bactérias produtoras de urease no tracto urinário. Estas incluem bactérias tais como Mycobacterium avium, Pseudomonas aeruginosa e Staphylococcus aureus, que produzem urease que catalisa a decomposição da ureia em amoníaco e dióxido de carbono, que por sua vez se combina com a água para formar hidróxido de amónio. O hidróxido de amónio é uma substância alcalina que provoca um aumento significativo do pH da urina. Quando o pH da urina atinge 7,2, o amónio iónico pode combinar-se com o magnésio e o fosfato na urina para formar o fosfato de amónio de magnésio. Durante a decomposição da ureia, são também produzidas grandes quantidades de dicloreto de carbono, e o dióxido de carbono é ainda hidratado em ácido carbónico antes de se dissociar para formar raízes de ácido carbónico. Também em soluções alcalinas, cálcio e fosfato são combinados para formar apatite, que depois se combina com carbonato para formar apatite carbonatada. Quando o fosfato urinário de magnésio e o carbonato de amónio apatita atingem níveis de supersaturação, os cristais são precipitados. No entanto, estes cristais devem aderir ao epitélio urinário antes de poderem continuar a crescer em pedras. A amónia de decomposição bacteriana tem uma afinidade pela carga de sulfato de mucopolissacarídeo que protege o epitélio urinário, o que altera a hidrofilicidade do sulfato de mucopolissacarídeo, que por sua vez atrai iões de amónio para a raiz de sulfato do sulfato de mucopolissacarídeo e subsequentemente incentiva a adesão de cristais de fosfato de amónio de magnésio ao epitélio urinário. A rápida formação e crescimento das pedras depende deste mecanismo litogénico de adesão de cristais e da supersaturação iónica associada. Experiências in vitro descobriram que A. amoebae pode produzir pedras em tão pouco tempo quanto quatro horas. Clinicamente, como estas pedras crescem rapidamente e são facilmente moldadas pelo sistema colector intrarrenal, podem muitas vezes crescer em pedras maiores, em forma de chifre. É também importante notar aqui que pedras em forma de chifre não são sinónimo de pedras infectadas. Os últimos estudos nacionais mostraram que as pedras em forma de chifre são predominantemente pedras mistas contendo oxalato de cálcio mono-hidratado, oxalato de cálcio dihidratado, fosfato de amónio magnésio hexa-hidratado, carbonato apatita, ácido úrico e cistina. 51% dos doentes tinham pedras de guano, 78% tinham infecções do tracto urinário e 64,7% tinham culturas bacterianas positivas de urina/ pedra, pelo que as pedras em forma de chifre estão intimamente associadas a infecções do tracto urinário. Todas as pedras de fosfato de amónio de magnésio são secundárias a infecções recorrentes do tracto urinário e anomalias anatómicas do tracto urinário, com uma idade de pico de início de 60 anos ou mais, e são mais comuns nas mulheres. Na prática clínica, deve-se ter o cuidado de distinguir conceptualmente essas pedras infectadas das pedras complicadas pela infecção. Na primeira, a infecção causa a pedra; na segunda, a pedra causa a infecção, que se deve geralmente à Escherichia coli, uma bactéria que não produz urease.