As úlceras na base da língua têm geralmente duas causas. Uma delas é uma úlcera traumática na base da língua. Estas úlceras ocorrem frequentemente em bebés e crianças pequenas com uma gravata de língua curta. Quando estas crianças começam a morder, os seus dentes mordem frequentemente a base da língua porque a gravata de língua é demasiado curta. Neste caso, o alongamento do ligamento da língua pode ser considerado e a úlcera será significativamente aliviada após o alongamento do ligamento da língua. Para além deste tipo particular de úlcera traumática, a base da úlcera da língua é também uma úlcera da boca, mas é uma parte da úlcera da boca e, tal como a úlcera da boca, a sua causa é pouco clara. Estes incluem factores imunitários, deficiências nutricionais, regulação hormonal, factores psicológicos, infecções e mesmo factores genéticos, todos eles causas de úlceras da boca e, claro, úlceras de base.