A desinfecção com desinfectante glutaraldeído requer normalmente cerca de 30 minutos de imersão e a esterilização demora cerca de 10 horas. O glutaraldeído é um desinfectante altamente eficaz e pode ser utilizado para a desinfecção de instrumentos clínicos, hotéis, produtos de higiene, etc. A desinfecção pode ser conseguida através da imersão completa dos instrumentos em desinfectante de glutaraldeído à temperatura ambiente durante 30 minutos. Quando utilizados para desinfecção de instrumentos médicos, os diferentes instrumentos têm tempos de imersão diferentes, uma vez que o efeito da desinfecção varia de instrumento para instrumento. Endoscópios como os gastroscópios e colonoscópios devem ser embebidos durante 10 minutos; broncoscópios devem ser embebidos durante 30 minutos; endoscópios para tuberculose ou outros doentes infecciosos devem ser embebidos durante 45 minutos ou mais; instrumentos cirúrgicos devem ser embebidos durante 60 minutos. Além disso, como o glutaraldeído tem um cheiro irritante e pode causar danos aos seres humanos, é importante prestar atenção à ventilação ambiente e à protecção pessoal quando o utilizar, e enxaguá-lo cuidadosamente no final da utilização para evitar danos aos seres humanos devido ao glutaraldeído residual.