A segurança da utilização de contraceptivos tem três aspectos principais, incluindo as doenças cardiovasculares, a carcinogénese e a segurança reprodutiva. Atualmente, o risco de segurança associado à utilização da pílula para o qual existe alguma evidência clínica e consenso dos especialistas é o tromboembolismo venoso (TEV), incluindo a trombose venosa profunda e a embolia pulmonar, e o aumento do risco de trombose ocorre nos 3 a 6 meses após a utilização da pílula e não continua a aumentar com a duração da utilização. Contrariamente aos receios, as provas que se seguem também sugerem benefícios da utilização da pílula a longo prazo. O risco de trombose é elevado nas mulheres que tomam a pílula, sendo de 9 por 10 000 mulheres-ano, o que é uma vez mais elevado do que nas mulheres não grávidas que não tomam a pílula, mas é muito inferior ao risco de trombose durante a gravidez e o puerpério (30 por 10 000 mulheres-ano e 65 por 10 000 mulheres-ano, respetivamente). Além disso, a mortalidade devida ao TEV foi muito inferior à mortalidade devida ao aborto. Além disso, em 2007, Dinger et al. verificaram que um risco muito baixo de trombose era mais provável de ocorrer durante o período inicial de utilização da pílula, especialmente durante os primeiros 3 meses, e que o risco de TEV aumentava novamente quando a pílula era reintroduzida após um período de interrupção da utilização. O risco de trombose também inclui factores como o tabagismo, antecedentes de diabetes, obesidade e hipertensão, pelo que as mulheres com estes factores de risco devem evitar a utilização de COC. Verificou-se que a utilização prolongada de pílulas anticoncepcionais é benéfica para a densidade mineral óssea das mulheres. 2011, Wei et al. relataram um estudo transversal em que foi selecionada uma amostra aleatória de pessoas com idades compreendidas entre os 50 e os 80 anos, e um total de 491 mulheres preencheram questionários e testes de densidade mineral óssea, 460 das quais também realizaram testes de densidade mineral óssea e 460 das quais também realizaram testes de densidade mineral óssea. Foram seleccionadas 491 mulheres que responderam a questionários e realizaram testes de densidade óssea, das quais 460 foram também analisadas em relação à deformidade da coluna vertebral. Os resultados mostraram que, após o ajustamento para factores de confusão, as densidades ósseas do corpo inteiro e da coluna vertebral das mulheres que tomaram o COC eram significativamente mais elevadas do que as das mulheres que não utilizaram contraceptivos, e quanto mais longo foi o período de tempo passado com contraceptivos, mais pronunciada foi a proteção contra uma redução das densidades ósseas do corpo inteiro e da coluna vertebral das mulheres que não utilizaram a pílula contraceptiva. O risco de deformação da coluna vertebral foi significativamente reduzido após 5 a 10 anos de utilização da pílula. Em conclusão, os resultados do estudo sobre a segurança da utilização a longo prazo de contraceptivos mostram que a pílula é segura e que a utilização a longo prazo de contraceptivos pode trazer mais benefícios, e que a interrupção da utilização intermitente da pílula apenas aumentará o risco de gravidezes indesejadas, pelo que é melhor não interromper a utilização de contraceptivos e recomenda-se a sua toma durante um longo período de tempo.