As causas da menstruação negra incluem maus hábitos de vida, tais como não se manter quente durante a menstruação, desejo de comer frio, comida fria, picante e estimulante, trabalho excessivo e stress vital, obstipação crónica, exercício físico extenuante durante a menstruação, sexo descontrolado, dieta excessiva e dependência de álcool e tabaco, tudo isto pode levar à menstruação negra.
Além disso, infecções genitais e tumores genitais podem também causar menstruação negra, geralmente acompanhada de febre, distensão abdominal e dores abdominais.
O sangue menstrual escuro após uma cesariana pode estar relacionado com uma cicatrização deficiente da incisão da cesariana, onde a incisão forma uma depressão defeituosa na camada muscular, onde o sangue menstrual pode acumular-se e ser lentamente descarregado após a menstruação, resultando numa cor acastanhada do sangue menstrual.