A patogénese da condromalácia patelar não é totalmente compreendida e geralmente pensa-se que se deve a danos crónicos na superfície cartilaginosa da patela. Está principalmente associada a anomalias anatómicas, desgaste a longo prazo da articulação e desnutrição da articulação, além de trauma directo na articulação do joelho e exercícios de sobrecarga da articulação do joelho que podem desencadear condromalácias patella.