Após o período de incubação, uma pessoa com SIDA entra na fase da SIDA, o que pode resultar numa variedade de infecções e mesmo na morte. A fase da SIDA é quando a contagem de linfócitos CD4 do paciente cai significativamente, sendo a maioria inferior a 200, e a carga viral do VIH aumenta significativamente. O sistema imunitário do doente está próximo do colapso e o corpo tem pouca ou nenhuma resistência a agentes patogénicos externos. Não importa que tipo de agentes patogénicos estejam presentes, qualquer contacto com o doente pode causar infecção. Os doentes podem experimentar febre persistente, suores nocturnos, diarreia, perda de peso, e uma variedade de infecções em vários sistemas, causando falência de órgãos ou sistemas, bem como malignidades secundárias, sarcoma de Kaposi, etc., que podem eventualmente levar à morte.