O sintoma comum da doença inflamatória intestinal é o sintoma mais comum, nomeadamente a doença de Crohn ou colite ulcerosa. Tem sintomas diferentes, mas a maioria deles tem dor abdominal, sangue nas fezes, diarreia, e sintomas sistémicos. Por exemplo, após o aparecimento da doença, muitos pacientes sofrem de desperdício, perda de apetite, e sintomas sistémicos, tais como dores nas articulações que frequentemente acompanham a doença. Se a doença inflamatória intestinal é a doença de Crohn, os seus sintomas são principalmente diarreia e dor abdominal, que são diferentes da colite ulcerosa. Por sua vez, os sintomas da colite ulcerosa são principalmente muco e fezes de sangue. Muco e fezes de sangue, ou seja, muitas pessoas têm diarreia com algo como muco, frequentemente acompanhada de sangue nas fezes, por vezes até uma dúzia de vezes, e por vezes 2-3 vezes. Este sintoma é recorrente e causa grande dor ao doente. Para além de fezes com sangue e dores abdominais, alguns sintomas incluem desconforto geral, inchaço, náuseas, e vómitos no doente. Os doentes com doença de Crohn também têm fístulas, fístulas anais ou cutâneas, que formam secreções crónicas de longa duração devido à formação do tracto sinusal causado pela doença no intestino. Assim, as lesões podem ser muito dolorosas para o doente, e o tratamento é, na realidade, um tratamento complicado.