O tipo mais comum de enterite em bebés é a enterite bacteriana, que pode ser acompanhada de dor abdominal, principalmente cólica paroxística, e pode ter febre. Primeiro faça a cultura bacteriana de rotina das fezes mais a sensibilidade aos medicamentos, escolha os antibióticos apropriados para o tratamento, se os sintomas forem graves, pode escolher pronta e eficazmente o tratamento empírico, a maioria escolhe o cloranfenicol bem como o tratamento com penicilina. Se a febre, pode usar alguns antipiréticos, se a dor for óbvia pode usar medicamentos antiespasmódicos para aliviar. Portanto, a causa mais provável de enterite e fezes verdes em bebés é a enterite bacteriana, e recomenda-se a padronização da escolha de antibióticos para o tratamento.