As IU em crianças devem ser tratadas com antibióticos sensíveis. Os antibióticos normalmente utilizados para tratar IU em crianças incluem amoxicilina ou cefalosporinas, que são relativamente seguros para as crianças. Se estiver a considerar uma possível IU causada por clamídia, micoplasma ou outros agentes patogénicos, deve também utilizar drogas como a azitromicina para tratar a infecção e, se necessário, realizar testes de urina de rotina e testes de cultura de urina para identificar o tipo de agente patogénico responsável pela infecção e realizar um teste de sensibilidade à droga para seleccionar um antibiótico sensível para tratamento. É importante notar que o tratamento das IU em crianças não deve utilizar antibióticos de quinolona como a levofloxacina e a norfloxacina, uma vez que os antibióticos de quinolona podem afectar o crescimento e desenvolvimento das crianças, pelo que os antibióticos de quinolona são absolutamente contra-indicados para infecções do tracto urinário em crianças. As crianças devem ser encorajadas clinicamente a beber e urinar mais frequentemente, o que ajudará a recuperar de infecções relacionadas com a idade.