Para a maioria dos pacientes com pneumonia, a broncoscopia não é necessária. A broncoscopia é geralmente recomendada para um subconjunto de pneumonia que não responde bem à terapia anti-inflamatória. Como o tratamento anti-inflamatório não é eficaz, é necessário prestar atenção para excluir se se trata de pneumonia obstrutiva ou de outras causas de infecção pulmonar. Neste momento, a broncoscopia pode ser feita para ver se existem corpos estranhos nos brônquios e se há algum novo crescimento no lúmen brônquico. Caso contrário, o fluido de lavagem broncoalveolar pode ser feito para clarificar ainda mais as bactérias patogénicas, fazendo cultura e esfregaço e outros testes relacionados. Se as bactérias patogénicas forem claramente identificadas, então o tratamento direccionado será relativamente fácil de tratar.