A faringite por herpes e a DMF partilham parte do mesmo agente causador e têm estações epidémicas e sintomas clínicos semelhantes, pelo que são frequentemente facilmente confundidas uma com a outra.
De acordo com a edição de 2018 das Guidelines for the Treatment of Hand, Foot, and Mouth Disease (Directrizes para o Tratamento da Mão, Febre Aftosa e Febre Aftosa).
Na época epidémica da DEFM, quando uma erupção cutânea ainda não apareceu nas mãos, pés e nádegas nas fases iniciais da faringite por herpes nas crianças, é necessário prestar atenção à comunicação com os pais e à observação da erupção cutânea nas mãos, pés e nádegas; se uma erupção cutânea nas mãos, pés e nádegas nunca for vista, pode ser tratada como uma faringite por herpes e um diagnóstico de DEFM não é apropriado; e
uma vez encontrado um herpes típico nas mãos, pés e nádegas, este deve ser tratado de acordo com a DMCFF.
Para casos graves com uma erupção atípica, o diagnóstico deve ser feito em conjunto com a patogénese ou anticorpos séricos.