O hipotiroidismo pode afectar a gravidez de uma mulher de três maneiras: Primeiro, o hipotiroidismo afecta o eixo gonadal feminino, resultando em ovulação ou anovulação esporádica, menstruação atrasada, baixo fluxo menstrual e mesmo amenorreia. A ovulação irregular, um endométrio fino e um baixo fluxo menstrual podem afectar a união de espermatozóides e óvulos e a fertilização do óvulo, afectando assim a gravidez nas mulheres. Em segundo lugar, o hipotiroidismo pode levar a um atraso no desenvolvimento embrionário ou mesmo à cessação do desenvolvimento embrionário nas fases iniciais da gravidez, pelo que pode afectar a gravidez da paciente. Em terceiro lugar, o hipotiroidismo pode afectar o desenvolvimento mental e físico do feto e eventualmente levar a que o feto se torne um cretino.