Há muitas causas de flatulência e a causa precisa de ser identificada e tratada em conformidade. Não é possível dizer exactamente qual é o melhor tratamento, uma vez que as medidas de tratamento adoptadas pelos médicos variarão.
Geralmente, a medicação é o principal tratamento, complementado por terapia dietética. Se for causada por gastrite aguda, é necessária medicação para aliviar os sintomas; se for causada por gastrite crónica, tanto a dieta como a medicação são utilizadas para a tratar. Se for causada por úlceras pépticas, podem ser tomados comprimidos de Famotidina e Pantoprazol revestidos com entérico e recomenda-se a sua utilização sob supervisão médica. Se for causado por dispepsia funcional, é necessário ajustar activamente o estilo de vida e hábitos alimentares e tratar com medicação para aliviar os sintomas.