As inversões entre braços do cromossoma 9 são mais comuns. Ocorre em até 1% da população. Como não há perda significativa de material genético e o fenótipo portador é normal, as inversões entre braços do cromossoma 9 são geralmente consideradas como um polimorfismo e podem ser consideradas normais. Foi também relatado que as inversões do cromossoma 9 só são polimórficas se ocorrerem na zona de subconstricção. Se a zona de inversão se estender para além da zona de subconstricção, irá formar um círculo de inversão único durante a meiose na formação de células germinativas, de acordo com a regra de emparelhamento de segmentos de cromossoma homólogos entre si em formação de gameta. Quatro tipos diferentes de gâmetas podem ser formados como resultado do número ímpar de trocas dentro do círculo de inversão. Um é um cromossoma normal, um é um cromossoma invertido, e os outros dois formam dois cromossomas recombinantes, ambos com duplicações e supressões parciais, devido à troca de segmentos invertidos com os segmentos correspondentes de outro cromossoma normal. Os cromossomas recombinantes, quando fertilizados com gâmetas normais, causam um desequilíbrio no material genético, com deleções ou duplicações resultando em aborto, infertilidade ou parto de bebés malformados, resultando num mau historial reprodutivo e perda do feto. No entanto, a relação entre as inversões entre os braços do cromossoma 9 e a doença permanece pouco clara. De um ponto de vista genético, pode argumentar-se que os portadores de inversões inter-braços do cromossoma 9 não podem ser considerados cromossomicamente anormais e podem conceber e dar à luz através da FIV.