A endometriose profunda requer frequentemente tratamento cirúrgico, mas como é mais invasiva, são necessárias indicações claras para a cirurgia antes de a mesma poder ser agendada. Os pacientes actualmente considerados para cirurgia incluem aqueles cujos sintomas dolorosos não responderam à medicação; aqueles com lesões localizadas aumentadas, endometriose e/ou infertilidade do tipo ovariano combinada; aqueles com obstrução ou disfunção devido à invasão de órgãos como o intestino e o ureter; aqueles com lesões pélvicas malignas que não podem ser excluídas; e aqueles com lesões persistentes após a menopausa.