A endometriose profunda não é sensível ao tratamento farmacológico. Os medicamentos actualmente disponíveis dividem-se em cinco categorias principais: anti-inflamatórios não esteróides (AINEs), contraceptivos orais, progestinas altamente eficazes, derivados androgénicos e agonadotropina libertadora de hormonas (GnRH-a).
Como a eficácia dos vários regimes é essencialmente a mesma, mas os efeitos adversos variam, é importante ter plenamente em conta os efeitos adversos dos fármacos ao seleccioná-los.
Os medicamentos promissores incluem inibidores da aromatase, antagonistas hormonais libertadores de gonadotropina e moduladores selectivos de PR.