A endometriose profunda pode levar à infertilidade, mas o mecanismo não é claro e está associado a factores tais como factores imunitários alterados no microambiente pélvico. Tem sido sugerido que 93,5% dos doentes com endometriose profunda têm aderências pélvicas, afectando assim a produção folicular e a função de recolha de ovos tubulares e levando à infertilidade.
Além disso, alguns estudos demonstraram que o efeito da endometriose ectópica na fertilidade é mais pronunciado quando invade o intestino, o que pode estar relacionado com alterações na anatomia pélvica causadas pela invasão da lesão na armadilha recto-uterina, resultando no encerramento da armadilha posterior.