A diferenciação da doença do tecido conjuntivo indiferenciado é geralmente definida como a evolução para uma doença específica do tecido conjuntivo, e o tempo necessário para a diferenciação está relacionado com factores como a condição de cada um e a eficácia do tratamento. Destes, cerca de 70% dos doentes continuarão indiferenciados e cerca de 30% evoluirão para uma doença do tecido conjuntivo (DTC), e a incidência de evolução é maior três a cinco anos após o início da doença. À medida que a doença progride, a incidência de evolução diminui novamente, e os principais CTD que podem evoluir são o lúpus eritematoso sistémico, a esclerose sistémica e a artrite reumatóide.