É clinicamente possível detectar a tuberculose por broncoscopia. Especialmente para radiografias muito atípicas dos pulmões, ou TAC ou ressonância magnética, muitas vezes não é possível ver que existe uma lesão tuberculosa nos pulmões. É necessário considerar outros locais com lesões tuberculosas, tais como a mucosa brônquica. A traqueoscopia pode ser feita para poder detectar lesões tuberculosas na mucosa traqueobrônquica e pode ser usada para diagnosticar a tuberculose endobrônquica. Podem ser feitas biopsias, patologia e culturas de Mycobacterium tuberculosis e até testes de sensibilidade às drogas. É possível confirmar o diagnóstico e também seleccionar medicamentos anti-tuberculose relativamente sensíveis para ajustar o plano de tratamento.