Se houver suspeita de doença cardíaca congénita, a maioria das doenças cardíacas congénitas está associada a infecções virais durante a gravidez da mãe e exposição a factores tóxicos e físicos e químicos. Um grande rastreio cardíaco é geralmente recomendado por volta do quinto mês de gravidez e pode ser feito através de uma ecografia 4D do coração para rastreio de doenças cardíacas congénitas. Recomenda-se também que durante a gravidez, especialmente nas fases iniciais, a mãe evite constipações virais, tenha uma nutrição equilibrada, seja emocionalmente estável, descanse adequadamente, não fique acordada até tarde, não coma alimentos estimulantes, não beba café ou chá forte, que são factores desfavoráveis para o desenvolvimento da criança, e e evite a exposição ao chumbo, toxinas e substâncias radioactivas, tudo isto ajudará a evitar que a criança desenvolva doenças cardíacas congénitas.