São necessários diferentes tratamentos para diferentes causas de doença celíaca, e é impossível dizer exactamente qual é o melhor tratamento.
O tratamento sintomático pode aliviar os sintomas. Os tratamentos para a causa incluem tratamento e cirurgia anti-H. pylori. O tratamento sintomático inclui, a utilização de inibidores da bomba de protões, tais como omeprazol e lansoprazol para inibir a secreção de ácido gástrico. A mucosa gástrica é protegida com tioglicolato de alumínio ou agentes de bismuto como o citrato de bismuto de potássio. A norepinefrina oral pode ser utilizada para parar a hemorragia em hemorragias leves. Alguns pacientes podem então usar drogas semelhantes ao diazepam para ajudar a dormir e aliviar o stress mental sob a orientação de um médico.