Existem vários métodos de cirurgia de epilepsia, que podem ser divididos em 3 categorias, de acordo com categorias amplas. A primeira é a excisão da lesão. Este é também o procedimento radical mais eficaz. A primeira é a epilepsia focal, que está amplamente dividida em ressecção do lobo temporal dos focos epilépticos e ressecção do lobo extratemporal dos focos epilépticos, onde apenas as lesões localizadas são removidas. Em segundo lugar, algumas crianças têm lesões intracranianas extensas que envolvem todo o hemisfério cerebral, e algumas são capazes de ter esse hemisfério removido. É importante notar que, nestas crianças, a função dos hemisférios afectados e contralaterais deve ser avaliada pré-operatoriamente. Se a função do lado afectado for pobre e a função correspondente tiver sido parcial ou maioritariamente transferida para o hemisfério contralateral, especialmente se o paciente for jovem e o cérebro for maleável, a cirurgia pode alcançar o resultado desejado. Se o cérebro afectado for responsável por algumas das funções importantes e o cérebro contralateral for incapaz de compensar, a hemisferectomia do lado afectado não pode ser feita. A segunda é a cirurgia de desconexão, onde a ligação entre os dois hemisférios é cortada de modo a que as descargas anormais de um lado não possam ser transmitidas ao outro. Esta abordagem é utilizada quando a lesão intracraniana é extensa, ou quando a lesão está localizada numa área funcional conhecida e a sua remoção afectaria a capacidade do paciente de se comportar normalmente. A cirurgia de desconexão pode reduzir e mitigar as convulsões e proporcionar algum alívio dos sintomas. A terceira é a estimulação magnética do nervo vago, que se destina a crianças com descargas anormais em ambos os lados do cérebro. Um estimulador do nervo vago é cirurgicamente incorporado sob a pele e os eléctrodos são implantados no nervo vago que é enrolado à volta do lado esquerdo do pescoço, usando diferentes parâmetros de estimulação e estimulação intermitente para conseguir o controlo das convulsões. Este procedimento é relativamente simples e pode ser instalado em quase todos os pacientes, mas o equipamento é caro, custando aproximadamente 180.000 dólares para todo o procedimento e equipamento.