A diarreia frequente não é necessariamente SIDA. As causas mais comuns de diarreia são doenças do próprio tracto gastrointestinal, tais como várias doenças inflamatórias intestinais, tuberculose e problemas com o sistema imunitário, todas elas podem levar à diarreia. Embora a SIDA também possa causar diarreia, é principalmente causada por danos no sistema imunitário e pode resultar numa variedade de infecções oportunistas, levando a náuseas, vómitos, má absorção, diarreia prolongada, e mesmo hemorragia gastrointestinal. Contudo, tais pacientes têm geralmente um historial de exposição de alto risco, e sem um historial de exposição de alto risco, a SIDA não é normalmente suspeita. Os doentes podem fazer testes relacionados com a SIDA para descartar o diagnóstico. Caso contrário, é também necessária uma gastroscopia e uma colonoscopia para excluir doenças do próprio sistema digestivo.