O prognóstico para crianças com hérnia diafragmática congénita varia em função do tipo e gravidade da hérnia. Em geral, crianças sem complicações ou malformações graves têm bons resultados cirúrgicos e uma elevada taxa de sobrevivência; aquelas com complicações tais como displasia pulmonar, hipertensão pulmonar persistente, necrose isquémica dos órgãos abdominais da hérnia, anomalias cromossómicas fetais ou outras malformações graves têm uma taxa de sobrevivência relativamente baixa.
Nos últimos anos, estão a ser desenvolvidas técnicas de tratamento neonatal como o ECMO e a taxa de sobrevivência de crianças com hérnia diafragmática congénita tem aumentado significativamente.