A gravidez não é uma contra-indicação absoluta à colonoscopia. Alguns estudos demonstraram que a colonoscopia durante a gravidez pode aumentar o risco de nascimento prematuro e fetos de baixo peso ao nascer, mas não aumenta o risco de malformação fetal ou natimorto, o que significa que a colonoscopia não terá um impacto fatal na vida do feto; e estudos demonstraram que a sigmoidoscopia é mais segura do que a colonoscopia completa.
Portanto, se o estado de uma mulher grávida for muito urgente, o médico precisa de avaliar completamente o estado físico e os sintomas da mãe, e se a situação o permitir, solicitar uma consulta de gastroenterologia e obstetrícia e ginecologia para avaliar completamente o estado da mãe e o estado do feto, e após comunicação completa com a família da mulher grávida, escolher a modalidade e o momento adequados para o exame.
É também importante notar que as benzodiazepinas devem ser evitadas ao realizar colonoscopias.