Os óleos geneticamente modificados são óleos comestíveis feitos a partir de soja cultivada através da tecnologia de modificação genética, que têm um valor nutricional relativamente baixo e carecem dos flavonóides benéficos. Apesar disto, ainda há controvérsia sobre os perigos do óleo geneticamente modificado. Por exemplo, alguns investigadores acreditam que enquanto as culturas geneticamente modificadas conseguem o efeito desejado, também aumentam a quantidade de toxinas nos alimentos, que podem acumular-se no organismo durante um longo período de tempo e pôr em perigo a saúde humana. Testes em animais foram realizados em alimentos GM na comunidade médica e demonstraram diarreia, cancro do fígado, hipoplasia testicular, amamentação, infertilidade e mesmo morte em animais, mas não foram encontrados exemplos de efeitos nocivos nos seres humanos. No entanto, o consumo elevado e a longo prazo de óleos GM pode também aumentar o risco de doença. Além disso, o consumo de óleo GM pode aumentar o risco de reacções alérgicas às culturas GM, uma vez que existem dois fragmentos genéticos nas culturas GM e os genes introduzidos do exterior podem causar reacções alérgicas em alguns grupos, o que pode ser prejudicial para a saúde humana. Além disso, os óleos GM podem também afectar a resistência do organismo aos antibióticos, o que significa que quando os antibióticos são normalmente utilizados para tratar doenças, são menos eficazes e aumentam o risco de doenças infecciosas para o organismo e a dificuldade de as curar. Por conseguinte, é aconselhável comer mais alimentos não geneticamente modificados, comer mais frutas e vegetais, e não ser parcial na sua dieta para assegurar uma ingestão nutricional equilibrada.