Vários pacientes podem ainda ter ataques recorrentes após o tratamento, que podem estar relacionados com infecção subclínica, infecção latente ou reinfecção. Após tratamento repetido, a maioria destes doentes pode controlar a recorrência, mas existem também portadores a longo prazo do vírus, que podem desaparecer com o tempo à medida que o estado imunitário do corpo melhora. Os portadores a longo prazo do vírus podem aumentar a incidência de certos tumores genitais, como o cancro do colo do útero e o carcinoma escamoso vulvar. A taxa de regressão natural do condiloma acuminado varia entre 0-69%.