O tratamento da não-gonorreia continua a ser dominado pela terapia antibiótica. A uretrite não-gonocócica refere-se a outros agentes patogénicos além da Neisseria gonorrhoeae, sendo comuns as infecções por Chlamydia trachomatis e micoplasma, e a maioria das infecções ainda são sexualmente transmitidas. Os sintomas da uretrite não gonorreica são semelhantes aos da uretrite gonorreica, na medida em que são frequentemente acompanhados de urinação dolorosa e descarga uretral de cor amarelada ou purulenta, e por vezes de leucorreia aumentada nas mulheres. 20-50% da população não têm sintomas clínicos óbvios e são frequentemente detectados através de exame físico. O tratamento ainda se baseia na utilização de antibióticos apropriados e sensíveis para as bactérias patogénicas. Por exemplo, antibióticos macrolídeos tais como azitromicina ou roxitromicina são preferidos para Mycoplasma e Chlamydia trachomatis. A escolha dos antibióticos está a mudar e a melhorar à medida que surgem organismos resistentes aos medicamentos. Para além do uso de antibióticos, o tratamento geral como beber muita água e manter-se limpo é também importante. Em resumo, o tratamento da uretrite não-gonocócica ainda se baseia na terapia antibiótica, que requer a identificação das bactérias patogénicas antes do tratamento e o tratamento sintomático atempado.