O organismo causador comum é o Staphylococcus aureus. Os abcessos podem ter origem em infecções supurativas agudas ou na transferência de organismos causadores de uma fonte primária de infeção distante através da corrente sanguínea ou dos vasos linfáticos. Muitas vezes, deve-se à necrose e à lise do tecido inflamado na presença de toxinas ou enzimas produzidas pelas bactérias, resultando na formação de uma cavidade de pus na qual exsudado, tecido necrótico, células de pus e bactérias se combinam para formar pus. A formação de um andaime reticular pela fibrina no pus é o que confina a lesão à área local, com hematoquezia e infiltração de leucócitos em torno da cavidade do pus. Eventualmente, a proliferação de tecido de granulação domina a parede da cavidade do abcesso. Os abcessos podem apresentar manifestações clínicas diferentes consoante a sua localização. A endocardite bacteriana aguda é frequentemente causada por bactérias com forte patogenicidade, sendo as mais comuns o Staphylococcus aureus, o Streptococcus haemolyticus, o Pneumococcus pneumoniae, a bactéria Influenza, o Proteus mirabilis e a Escherichia coli. Estas bactérias são altamente virulentas, têm um início rápido, são graves e são frequentemente secundárias a infecções noutros locais como parte de uma infeção sistémica, como meningite, pneumonia e tromboflebite, por vezes acompanhadas de focos sépticos metastáticos noutros órgãos. Geralmente ocorre no coração normal. A endocardite bacteriana aguda com infeção estafilocócica pode ser complicada por abcesso pulmonar, abcesso cerebral e outros abcessos migratórios, manifestando-se por tosse, dispneia, convulsões e hemiparesia.