Os adultos podem não ter sintomas óbvios quando o quisto é pequeno, e podem ter uma sensação de corpo estranho na garganta ou mesmo dificuldade em respirar quando é maior. Em bebés e crianças pequenas, a cavidade faríngea é mais estreita e mesmo quando o quisto não é demasiado grande, os sintomas são óbvios e incluem frequentemente rouquidão, choro fraco, falta de ar e respiração, sibilo e choro intermitente durante a alimentação.