Nos adultos, o quisto pode ser assintomático quando é pequeno, mas quando é grande pode haver uma sensação de corpo estranho na garganta ou mesmo dificuldade em respirar. Em bebés e crianças pequenas, a cavidade faríngea é mais estreita e mesmo que o quisto não seja demasiado grande, os sintomas são óbvios, incluindo frequentemente rouquidão, choro fraco, falta de ar e respiração, sibilo e choro intermitente durante a alimentação.