Existe uma relação estreita entre as infecções ginecológicas e o desenvolvimento das IU. Devido à proximidade estreita da abertura uretral com a abertura vaginal, as mulheres são propensas a alguma infecção cruzada. Isto significa que um ITU pode facilmente ser combinado com uma infecção vaginal, e uma infecção ginecológica pode facilmente causar uma erupção do ITU. É importante que as mulheres façam exames ginecológicos ao mesmo tempo que tratam as IU e tratem quaisquer infecções ginecológicas ao mesmo tempo, caso contrário existe o risco de que algumas infecções possam persistir ou voltar a ocorrer, levando a IU crónicas. As IU associadas a infecções ginecológicas são também susceptíveis de serem causadas por infecções anaeróbias ou fúngicas, pelo que é melhor fazer um teste de cultura de urina ao mesmo tempo que o tratamento para identificar o agente causador da infecção e depois dar um tratamento anti-infeccioso em conformidade.