As fezes ácidas são principalmente causadas por perturbações digestivas tais como pancreatite crónica, hepatite crónica activa, deficiência da enzima mucosa intestinal e outras perturbações digestivas intraluminais, bem como perturbações de absorção da mucosa intestinal tais como enteropatia por mecónio e diarreia por estomatite tropical, que podem resultar em má digestão ou absorção de gorduras e açúcares, levando a fezes ácidas. Além disso, maus hábitos alimentares, tais como consumir demasiados alimentos gordurosos ao mesmo tempo, podem também levar a fezes ácidas.