Se a amoxicilina pode ser usada para tratar pneumonia depende do agente causador da infecção e da condição. A amoxicilina não é eficaz em pneumonia viral porque é um antibiótico de penicilina e não pode ser usada para tratar pneumonia viral a menos que seja combinada com uma combinação de infecções bacterianas. Para pneumonia causada por micoplasma, clamídia, e infecções por legionella, a amoxicilina é também ineficaz para este agente causador, e os doentes precisam, na sua maioria, de escolher tratamento anti-inflamatório com fluoroquinolonas e macrólidos. Para uma pneumonia leve causada por infecções bacterianas não resistentes a drogas, a amoxicilina pode ser usada para tratar pneumonia, mas se for devida a bactérias resistentes a drogas e pneumonia grave, a amoxicilina não pode tratar tal pneumonia. Os doentes precisam sobretudo de escolher antibióticos sensíveis e executar uma forte terapia anti-inflamatória com tratamento sintomático. Portanto, quando ocorre uma pneumonia, é importante seleccionar os medicamentos anti-infecciosos adequados de acordo com o agente causador da infecção e a condição para melhorar a taxa de cura.