Os doentes com SIDA, especialmente em fases avançadas, são susceptíveis de ter um sintoma comum de diarreia persistente, geralmente com duração superior a um mês, com diarreia ocorrendo três ou mais vezes por dia, especialmente em doentes que não estão em terapia anti-retroviral eficaz. Se for este o caso, os doentes são aconselhados a iniciar o tratamento antiviral o mais cedo possível. Após tratamento antiviral regular, os sintomas da diarreia do paciente podem ser gradualmente aliviados, o que também pode reflectir a eficácia do tratamento antiviral. Se o paciente já tiver sido submetido a tratamento antiviral e tiver diarreia, é também necessário estar alerta para a presença de infecções intestinais, infecções bacterianas, infecções virais e infecções micobacterianas são mais comuns. Após um tratamento eficaz, os sintomas do doente podem ser aliviados. Durante o período de diarreia, os doentes podem receber uma quantidade adequada de rehidratação, e podem ser tratados sintomaticamente com medicamentos para regular a flora intestinal.