Os dois são frequentemente difíceis de diferenciar devido ao facto de alguns pacientes poderem ter tanto o tinnitus como o tinnitus cerebral, combinados com a má descrição do paciente, a semelhança dos locais de produção do som, a natureza semelhante dos sons, a semelhança dos factores de remissão e exacerbação, e a falta de sintomas característicos que os acompanham. A tinnitus pode ser diferenciada pelos seguintes pontos. O tinnitus é mais precisamente localizado, frequentemente num ou em ambos os lados do ouvido, enquanto que o tinnitus cerebral é generalizado e vago.
Além disso, os pacientes com tinnitus têm uma história prévia de problemas médicos relacionados com o ouvido, frequentemente com sintomas de perda de audição, e o tinnitus é frequentemente intermitente. A maioria dos tinnitus no cérebro não tem sintomas tais como perda de audição e está frequentemente associada a perturbações neurológicas disfuncionais tais como dores de cabeça, hemiplegia, vómitos de jacto e distensão ocular.