A primeira coisa a compreender é a causa da atelectasia pulmonar em bebés. Há muitas causas de atelectasia, tais como obstrução das vias aéreas, broncopneumonia, mais secreção da expectoração e bloqueio pegajoso das vias aéreas. Também é possível drenar a criança numa posição postural, de modo a que o local da atelectasia esteja no lado mais alto para facilitar a descarga da expectoração. Em casos de atelectasia pulmonar onde a expectoração é demasiado espessa para ser facilmente tossida ou onde o tratamento médico convencional é ineficaz, o tratamento broncoscópico pode ser utilizado para aspirar directamente as secreções que bloqueiam as vias respiratórias através do broncoscópio. Para outras causas de atelectasia, tais como a atelectasia causada por sarcoide ou oclusão tumoral, é necessário um tratamento intervencionista para limpar as vias respiratórias. Além disso, para atelectasias causadas por derrame pleural ou uma grande quantidade de pneumotórax, toracocentese, drenagem ou mesmo drenagem torácica fechada deve ser realizada para aliviar a atelectasia.