O micoplasma e a clamídia são ambos microorganismos distintos de bactérias e vírus, e alguns tipos são patogénicos para os humanos, com algumas diferenças entre eles. Biologicamente, a principal diferença entre o micoplasma e a clamídia é que o micoplasma não tem parede celular, enquanto que a clamídia tem uma parede celular, pelo que drogas como a penicilina, que inibem a produção da parede celular, são ineficazes para as infecções por micoplasma, mas podem ser usadas para tratar a clamídia. Existem cinco tipos de micoplasma que podem causar doenças, incluindo Mycoplasma humanum e Mycoplasma pneumoniae, que podem causar infecções do tracto respiratório superior e infecções do tracto urinário, enquanto que a Chlamydia trachomatis é frequentemente referida como Chlamydia trachomatis, que pode causar tracoma, febre de papagaio e infecções do tracto urinário. Os dois organismos são biologicamente distintos e não são os mesmos, mas existem muitas semelhanças nas doenças que podem ser induzidas pela infecção. Quando se trata de tratamento, existem algumas diferenças em termos de medicação, sendo o micoplasma tratado com tetraciclinas ou macrolídeos e a clamídia tratada com antibióticos. As principais diferenças entre o micoplasma e a clamídia residem na sua composição biológica e nas doenças que podem induzir, e existem também diferenças nos fármacos utilizados para os tratar.