O baço aumentado requer a selecção de medicamentos de acordo com a sua causa. Por exemplo, se o baço estiver aumentado devido a lúpus eritematoso sistémico, os glicocorticóides e os medicamentos citotóxicos podem ser utilizados durante muito tempo; se o baço estiver aumentado devido a factores infecciosos, podem ser utilizados medicamentos sensíveis antibacterianos, antivirais e antiparasitários.