Com um tratamento adequado, H. pylori pode ser erradicado. Contudo, existem grandes diferenças individuais nos resultados do tratamento, que são influenciadas pela resistência bacteriana, a viabilidade dos regimes de tratamento e a conformidade do paciente. Os pacientes que não tomam a dose completa de medicamentos a tempo podem ter infecções recorrentes; o sucesso dos regimes de tratamento pode ser grandemente reduzido pelo elevado nível de resistência bacteriana aos medicamentos; alguns pacientes metabolizam os inibidores da bomba de protões mais rapidamente e os medicamentos não atingem concentrações eficazes. Todos podem contribuir para a incapacidade de erradicar completamente o H. pylori. Para os primeiros pacientes, recomenda-se como primeira escolha uma terapia quádrupla, ou seja, inibidor da bomba de protões + dois antibióticos + bismuto. A terapia tripla original utilizada, embora menos dispendiosa, pode levar à resistência aos medicamentos se o tratamento falhar, tornando o tratamento subsequente difícil e não é recomendado. O tratamento é normalmente dado durante 7 a 14 dias e é melhor continuar durante 14 dias se o desconforto causado pelos medicamentos for tolerado. O teste de respiração deve ser repetido após 1 mês de descontinuação. A dosagem repetida sem uma indicação clara da eficácia do tratamento da infecção não é recomendada, uma vez que não há garantia de eficácia com o medicamento e pode levar a um aumento dos efeitos adversos. Se a infecção não for erradicada com um único tratamento, recomenda-se um intervalo de seis meses antes do novo tratamento. A morfologia e susceptibilidade do H. pylori às drogas mudará a curto prazo, tornando difícil a erradicação das bactérias a curto prazo e aumentando as reacções adversas. Clinicamente, é aconselhável visitar um hospital para ser entrevistado por um especialista para o tratamento de H. pylori devido à complexidade da combinação de fármacos.