Os princípios de tratamento da endometriose variam em função da idade do doente e de terem ou não requisitos de fertilidade. Para pacientes mais jovens sem requisitos de fertilidade actuais, analgésicos não esteróides ou progesteronativos e contraceptivos altamente eficazes podem ser administrados para sintomas mais leves, enquanto que a cirurgia pode ser considerada para sintomas graves. Para pacientes mais velhos com necessidades de fertilidade, o tratamento cirúrgico e a promoção da ovulação para orientar a concepção podem ser considerados em primeiro lugar. Em casos graves de endometriose, ou se o paciente tiver uma combinação de hipovarianismo, trompas de falópio bloqueadas, esperma baixo ou fraco no parceiro masculino, a tecnologia reprodutiva assistida deve ser implementada o mais cedo possível.