A cirurgia para a endometriose pode, normalmente, ser efectuada por laparoscopia se a extensão do envolvimento for pequena, o que é, na sua maioria, uma cirurgia menor; pelo contrário, se a extensão do envolvimento for grande, pode ser necessária uma cirurgia aberta, o que é, na sua maioria, uma cirurgia maior. Se a endometriose provocar quistos nos ovários e a aderência entre os quistos e os tecidos circundantes não for evidente, pode proceder-se à remoção laparoscópica dos quistos dos ovários de um dos lados, o que constitui, na maior parte dos casos, uma pequena cirurgia. No entanto, se a endometriose tiver envolvido o ligamento uterossacro, a fossa uterina rectal, a parede do reto ou do cólon, ou mesmo a parede da bexiga e o ureter, causando uma aderência óbvia aos tecidos circundantes, pode ser necessária uma cirurgia aberta, que é mais extensa e, na maioria dos casos, uma cirurgia de grande porte. Se uma mulher tiver endometriose, recomenda-se que procure assistência médica atempadamente e, sob a orientação do médico, realize os exames relevantes para esclarecer se é necessário tratamento cirúrgico.