Dependendo da causa, o prognóstico para o tratamento de úlceras sinusais varia. Por exemplo, as úlceras sinusais causadas por gastrite podem ser curadas com tratamento sintomático e ter um bom prognóstico; a maioria das úlceras sinusais causadas por úlceras gástricas podem sarar após tratamento curativo regular e ter uma baixa taxa de recorrência, enquanto os pacientes com ataques recorrentes e uma longa duração da doença têm um maior risco de cancro; os pacientes com úlceras cancerosas em fase inicial têm uma alta taxa de cura, enquanto os pacientes com fase avançada têm um mau prognóstico, com uma taxa de sobrevivência de 5 anos inferior a 10%.