Alguns médicos recomendam a TC e alguns recomendam a RM para a mesma área do corpo do paciente, deixando o paciente confuso. As indicações tanto para a TC como para a ressonância magnética são diferentes devido aos diferentes princípios de imagem. Os exames (TC) são, em última análise, exames de raio-X, que podem examinar todos os órgãos do corpo e são rápidos, demorando alguns segundos ou uma dúzia de segundos para examinar um órgão ou todo o corpo. No entanto, tal como acontece com os raios X regulares, os exames de TC em excesso podem ser significativamente prejudiciais para o corpo em termos da quantidade de radiação, especialmente em crianças, e não devem ser feitos com demasiada frequência. (MRI) A ressonância magnética, que utiliza campos magnéticos e impulsos de rádio para a imagiologia, é um teste mais seguro e adequado para qualquer grupo de pessoas, incluindo crianças e mulheres grávidas. No entanto, a utilização da ressonância magnética costumava ser um pouco limitada, principalmente pela velocidade lenta da varredura, tendo agora mudado para um dispositivo de ressonância magnética totalmente digital, e os tempos de varredura estão a tornar-se mais rápidos, beneficiando muito os pacientes. Enquanto que costumava demorar cerca de 50 minutos ou mais a fazer um exame abdominal, o problema está agora resolvido em cerca de 10 minutos. Outro exemplo é um exame neurológico do cérebro, que agora demora cerca de 8 minutos ou ainda mais rápido. No passado, algumas pequenas lesões podiam não ser claramente visíveis, e a estrutura interna de alguns tecidos ou órgãos ou lesões podiam parecer ambíguas na imagem, mas agora podem ser mostradas mais claramente. Embora o tempo de exame da ressonância magnética seja muito mais rápido do que antes, ainda é mais lento do que o da TC. Além disso, a ressonância magnética é ruidosa, e embora tenha sido efectuado algum tratamento de redução de ruído, ainda demora algum tempo a remover completamente o ruído. A TC e a RM, em termos de funções de exame, sobrepõem-se, mas não são intercambiáveis e são escolhidas de acordo com a situação específica do paciente. Para lesões e tumores de tecidos moles, a resolução da RM é superior à da TC, pelo que para o sistema nervoso (incluindo o cérebro e cremaster), órgãos abdominais (fígado, pâncreas, rins), mama, articulações em várias partes do corpo, e tecidos moles em todo o corpo, a RM tem uma vantagem. Para órgãos que contêm gases como os pulmões e as gastrointestinas, ou se se quiser saber mais sobre as artérias coronárias, são preferidos os exames de TAC. Para a doença hemorrágica cerebral, é importante fazer um exame CT o mais cedo possível para clarificar o diagnóstico. Embora a RM também possa confirmar o diagnóstico de lesões cerebrais hemorrágicas, o exame demora relativamente tempo. Se houver suspeita de um enfarte cerebral agudo, deve ser feita imediatamente uma ressonância magnética. Isto porque a TC tem dificuldade em detectar lesões dentro de 12 horas após o início de um enfarte cerebral agudo, enquanto que a RM pode identificar o local da lesão dentro de cerca de 30 minutos após o início. Com a utilização generalizada da TC e da RM na prática clínica, e com equipamento constantemente actualizado, cada um mostra as suas próprias vantagens no exame e diagnóstico da doença. Os pacientes têm uma compreensão geral dos seus princípios de exame, o que é mais ou menos benéfico para o exame e coordenação do tratamento pelo médico. Um único TAC de alto risco equivale a 442 radiografias do tórax.