A excisão cirúrgica da lesão é o tratamento principal. Se a lesão estiver confinada ao prepúcio, a circuncisão pode ser realizada, mas há estatísticas de que a taxa de recorrência pode atingir cerca de metade. Se o tumor invadir a cabeça do pénis, a excisão parcial do pénis também pode ser feita, geralmente a uma distância de 2 cm do tumor, o que é suficiente. Para o cancro do pénis sem aumento inguinal clinicamente palpável, a dissecção inguinal de rotina dos gânglios linfáticos não é actualmente recomendada porque mais de metade dos doentes podem não ter lesões metastáticas e necrose da pele, infecção, embolia pulmonar e linfedema posterior dos membros inferiores causado pelo procedimento de dissecção são bastante comuns e causam dores desnecessárias aos doentes. Se houver metástases clinicamente suspeitas (isto é, gânglios linfáticos aumentados), podem ser realizadas biópsias, secções em série se necessário, e desbridamento linfático se houver metástases. A dissecção simultânea de rotina dos gânglios linfáticos em ambos os lados não é geralmente defendida.