A pneumonia fúngica é um tipo de pneumonia com um curso relativamente longo, e os medicamentos antifúngicos escolhidos clinicamente precisam de ser usados durante cerca de 4 semanas, e se a condição for relativamente grave o tempo de tratamento precisa de ser prolongado e o curso do tratamento precisa de atingir cerca de 2 meses para ser completo. Em particular, para pacientes com doenças subjacentes, tais como tuberculose, diabetes, SIDA e tumores, é necessário monitorizar a condição de pneumonia fúngica a todo o momento para evitar que a imunidade do paciente diminua e permitir que o fungo invada e cause uma recorrência.