O período médio de incubação das pessoas com VIH sem tratamento é de cerca de 9 anos. Durante o período de incubação o doente não tem sintomas óbvios, mas o vírus já se está a replicar no corpo do doente durante o período de incubação. Como o vírus continua a replicar-se e o sistema imunitário está comprometido, os linfócitos T CD4+ do paciente continuarão a diminuir. Após entrar na fase de SIDA, o paciente desenvolverá várias infecções oportunistas secundárias à função imunológica extremamente baixa. Isto pode manifestar-se como febre, suores nocturnos, diarreia, perda de peso de 10% ou mais durante mais de um mês, e alguns pacientes podem também desenvolver sintomas neuropsiquiátricos, tais como perda de memória e apatia mental. Além disso, pode ocorrer aumento generalizado dos gânglios linfáticos, pneumonia por pneumocystis, meningite criptocócica, esofagite por Candida albicans, retinite de células gigantes, etc., e eventualmente a morte pode resultar de infecções oportunistas. O período médio de sobrevivência da fase da SIDA é de cerca de 12-18 meses.